Selon le communiqué, le vol en question avait décollé à 10h30 à Narita, au Japon, à destination de Hanoi, avec à son bord 47 passagers et 12 membres d’équipage dont trois pilotes.

Vers 11h10 (heure locale), la succursale de Vietnam Airlines au Japon a reçu un appel d’un homme qui s’est présenté en tant qu’Américain et qui disait: “Il vaut mieux que le vol VN5311 retourne à Narita, sinon, il sera abattu en survolant la baie de Tokyo”. À la question de la personne qui recevait le coup de téléphone: “Pourriez-vous répéter ce que vous venez de dire?”, l’homme a répondu: “Je me préparer à abattre le vol VN5311 quand il survolera la baie de Tokyo. Il vaut mieux qu’il retourne à son point de départ”.

À ce moment-là, l’avion avait volé pour environ 40 minutes et s’apprêtait à survoler la baie de Tokyo. La succursale de Vietnam Airlines au Japon a immédiatement rapporté l’affaire au ministre des Transports Nguyên Van Thê et au vice-Premier ministre permanent Pham Binh Minh, qui est aussi le président du Comité national de la Sécurité de l’aviation civile. Avec l’accord de ces deux dirigeants, le chef de l’Autorité de l’Aviation civile du Vietnam a autorisé à Vietnam Airlines à demander auprès des services compétents japonais un atterrissage d’urgence à l’aéroport de Fukuoka, au Japon.

Vers 13h02 (heure locale), le vol a atterri. Vers 14h30 (heure locale), après s’être s’assuré des conditions sécuritaires, le vol VN5311 a été autorisé à partir pour Hanoi où il a atterri à 18h12 (heure vietnamienne) à l’aéroport de Nôi Bài.