Chùa được xây dựng dưới triều Vua Lý Thần Tông (1127 - 1138). Trong các thế kỷ từ 12 -– 14 và 17 - 18, Quỳnh Lâm là trung tâm phật giáo lớn nhất của Việt Nam. Tại lễ khởi công, Thượng tọa Thích Thanh Quyết, Phó Chủ tịch hội đồng trị sự, Trưởng ban trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, tỉnh Quảng Ninh, khẳng định tầm quan trọng của khu di tích chùa Quỳnh Lâm: “Tôn tạo chùa Quỳnh Lâm là một công trình rất lớn, một di tích quốc gia đặc biệt với cả hệ thống gồm đền, đình,chùa, am, tháp, lăng tẩm. Ban trị sự Giáo hội Phật giáo sẽ chọn lọc những công trình cần thiết để tập trung đầu tư trước. Các năm sau chúng tôi sẽ từng bước lập ra các công trình tiếp theo để tiếp tục trùng tu, tôn tạo. Trong khoảng 10 đến 15 năm nữa về cơ bản khu vực chùa Quỳnh Lâm sẽ hoàn thiện.”     

Việc đầu tư, tôn tạo chùa Quỳnh Lâm giúp khôi phục lại trung tâm Phật giáo Quỳnh Lâm xứng tầm với lịch sử, góp phần nâng cao đời sống, văn hóa tín ngưỡng tâm linh người dân tỉnh Quảng Ninh và du khách.