Theo đó, mục tiêu của Chương trình là đáp ứng đủ nhu cầu vaccine phòng các bệnh truyền nhiễm bắt buộc triển khai trong Chương trình tiêm chủng mở rộng, vaccine dùng cho tiêm chủng dịch vụ và vaccine dùng trong phòng, chống dịch bệnh. Đến năm 2025, làm chủ công nghệ sản xuất 10 loại vaccine; sản xuất được tối thiểu 03 loại vaccine, trong đó có vaccine phòng bệnh phối hợp 5 trong 1 phòng các bệnh: Bạch hầu, Ho gà, uốn ván, bệnh do Haemophilus Influenzae (Hib) và một trong hai bệnh Bại liệt hoặc Viêm gan B. Đến năm 2030, làm chủ được công nghệ sản xuất 15 loại vaccine; sản xuất được tối thiểu 5 loại vaccine; các vaccine sản xuất trong nước bảo đảm đạt tiêu chuẩn tương đương với tiêu chuẩn quốc tế.

Đồng thời, thu hút đầu tư, hỗ trợ của các tổ chức quốc tế, các nước phát triển trong việc đào tạo nhân lực để thực hiện các chương trình, các nhiệm vụ nghiên cứu, làm chủ công nghệ sản xuất các vaccine phòng các bệnh mới nổi, nguy hiểm, có khả năng lây nhiễm cao; các loại vaccine mới, chưa có tại Việt Nam; các vaccine phối hợp, vaccine phòng các bệnh chưa được triển khai trong Chương trình tiêm chủng mở rộng.